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0e00 07 03 09 2f f0 0c 00 0c 10 8f 3b 89 3b 8b 3d 98 31 d3 0b 1c d8 0c 0d 8f 4a 89 4a 90 78 a0 18 d5 .../......;.;.=.1.......J.J.x...
0e20 0c 2a f0 1f 0f 05 2b f0 20 00 0c 0d 80 48 f3 00 00 00 00 e9 02 00 00 00 63 03 00 00 00 00 00 00 .*....+......H..........c.......
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0ec0 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 7c 04 ab 01 00 00 00 00 00 00 82 01 74 05 00 00 00 00 00 00 00 00 ..........|...........t.........
0ee0 7c 03 64 07 64 07 ac 08 ab 03 00 00 00 00 00 00 7d 03 74 01 00 00 00 00 00 00 00 00 6a 06 00 00 |.d.d...........}.t.........j...
0f00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 7c 03 ac 09 ab 01 00 00 00 00 00 00 7d 05 7c 05 ................|...........}.|.
0f20 6a 09 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 64 02 64 01 ab 02 00 00 00 00 00 00 j...................d.d.........
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0f80 00 00 7d 07 7c 05 6a 0f 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 7c 06 ab 01 00 00 ..}.|.j...................|.....
0fa0 00 00 00 00 01 00 64 07 7d 08 7c 05 6a 11 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 ......d.}.|.j...................
0fc0 7c 07 ab 01 00 00 00 00 00 00 44 00 5d 2a 00 00 7d 09 7c 02 6a 13 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 |.........D.]*..}.|.j...........
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13a0 20 20 47 20 3a 20 47 72 61 70 68 0a 0a 20 20 20 20 52 61 69 73 65 73 0a 20 20 20 20 2d 2d 2d 2d ..G.:.Graph......Raises.....----
13c0 2d 2d 0a 20 20 20 20 4e 65 74 77 6f 72 6b 58 45 72 72 6f 72 0a 20 20 20 20 20 20 20 20 49 66 20 --.....NetworkXError.........If.
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1420 20 20 20 20 4e 6f 74 65 73 0a 20 20 20 20 2d 2d 2d 2d 2d 0a 20 20 20 20 54 68 69 73 20 61 6c 67 ....Notes.....-----.....This.alg
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1620 00 00 da 0b 72 65 6d 6f 76 65 5f 6e 6f 64 65 29 0a 72 1c 00 00 00 72 1d 00 00 00 72 1f 00 00 00 ....remove_node).r....r....r....
1640 72 0c 00 00 00 72 20 00 00 00 72 21 00 00 00 da 01 69 da 0b 72 61 6e 64 6f 6d 5f 6e 6f 64 65 da r....r....r!.....i..random_node.
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1680 00 00 00 72 07 00 00 00 61 00 00 00 73 0e 01 00 00 80 00 f0 5c 01 00 08 09 88 31 82 75 90 01 90 ...r....a...s.......\.....1.u...
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16c0 d0 08 23 d8 07 08 88 31 82 75 d8 0e 34 88 03 dc 0e 10 d7 0e 1e d1 0e 1e 98 73 d3 0e 23 d0 08 23 ..#....1.u..4............s..#..#
16e0 e4 13 25 a0 6c b8 55 c8 75 d4 13 55 80 4c dc 08 0a 8f 0e 89 0e a0 4c d4 08 31 80 41 f0 06 00 05 ..%.l.U.u..U.L........L..1.A....
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1720 24 a0 71 a3 27 d3 16 2a 88 0b e0 08 09 8f 0a 89 0a 90 31 8c 0d e0 0f 14 88 04 d8 13 14 97 3b 91 $.q.'..*..........1...........;.
1740 3b 98 7b d3 13 2b f2 00 04 09 1c 88 43 d8 0f 13 8f 7b 89 7b 8b 7d 98 71 d3 0f 20 e0 10 11 97 0a ;.{..+......C....{.{.}.q........
1760 91 0a 98 31 98 63 d4 10 22 d8 17 1b 91 04 f0 09 04 09 1c f1 0a 00 10 14 e0 0c 0d 8f 4d 89 4d 98 ...1.c.."...................M.M.
1780 21 d5 0c 1c f0 06 00 0d 0e 90 11 89 46 88 41 f0 23 00 0b 0c 88 61 8b 25 f0 24 00 0c 0d 80 48 72 !...........F.A.#....a.%.$....Hr
17a0 26 00 00 00 29 01 4e 29 0d da 07 5f 5f 64 6f 63 5f 5f da 08 6e 65 74 77 6f 72 6b 78 72 12 00 00 &...).N)...__doc__..networkxr...
17c0 00 da 12 6e 65 74 77 6f 72 6b 78 2e 65 78 63 65 70 74 69 6f 6e 72 03 00 00 00 da 0e 6e 65 74 77 ...networkx.exceptionr......netw
17e0 6f 72 6b 78 2e 75 74 69 6c 73 72 04 00 00 00 da 13 6e 65 74 77 6f 72 6b 78 2e 75 74 69 6c 73 2e orkx.utilsr......networkx.utils.
1800 6d 69 73 63 72 05 00 00 00 da 07 5f 5f 61 6c 6c 5f 5f da 0d 5f 64 69 73 70 61 74 63 68 61 62 6c miscr......__all__.._dispatchabl
1820 65 72 06 00 00 00 72 07 00 00 00 a9 00 72 26 00 00 00 72 25 00 00 00 fa 08 3c 6d 6f 64 75 6c 65 er....r......r&...r%.....<module
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18c0 01 11 98 14 a8 54 d4 01 32 f0 02 4b 01 01 0d c0 24 f3 00 4b 01 01 0d f3 03 00 02 33 f3 03 00 02 .....T..2..K....$..K.......3....
18e0 14 f1 04 4b 01 01 0d 72 26 00 00 00 ...K...r&...